长期以来，人们普遍认为，乙肝“小三阳”病情比“大三阳”轻，无需治疗，但医学研究表明，这种观点并不严谨。如果是乙肝病毒DNA低水平复制，患者的功能绝大多数是正常的，但恰恰是这部分“小三阳”患者很可能会转化为肝硬化、肝癌，危害更大。
对待“小三阳”患者，有三种情况需要分清楚，第一：如果“小三阳”DNA检测呈阴性，肝功能、B超等均长期正常，说明病毒已不复制，无传染性，所以无需隔离与治疗。这种情况约占“小三阳”患者总数的60％~70％，目前国内外尚无进一步治疗的方法。一味追求转阴而服用大量治疗性中西药物只会增加肝脏负担，甚至招致不良后果。
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第二：“小三阳”还有一种表现为乙肝病毒DNA低水平复制（PCR检测＜106），肝功能正常或轻度异常，腹部B超脾稍厚，称为慢性乙肝病毒残留期。这种情况约占“小三阳”患者总数的20％，目前国内对此种患者最容易忽视。如果不积极治疗，任其发展，可导致肝硬化、肝癌。
第三：最严重的是乙肝病毒DNA高水平复制（PCR检测＞106），肝功能不正常，称为“e抗原阴性的慢性乙肝”。这种情况约占“小三阳”患者总数的10％，它的特点是病毒复制活跃，传染性强，是由于乙肝病毒变异所致。这种“小三阳”反而比“三大阳”严重，其转化为肝硬化、肝癌的几率更高。在治疗上可采取免疫疗法与抗病毒药物相结合，促使乙肝病毒DNA转阴，肝功能恢复正常，而不应仅仅是护肝降酶这种治标不治本的“姑息疗法”。